由于事业单位面广量多，涉及到各类产业和社会生活的各个方面，在对基本因素进行分析的基础上，可以确定分类管理的总的原则：产品或劳务不宜进入市场，垄断程度比较高的事业单位由政府直接管理；产品或劳务可以直接进入市场、竞争程度比较高的事业单位交给社会来办，实行企业化经营；对于产品和劳务可以间接进入市场、市场既有垄断也有竞争的事业单位采取政府与社会以某种方式合作或配合经营。
　　医疗卫生事业单位的工资分配直接关系到生产力的维护和保健，针对当前这些行业隐性收入现状，需要大幅降低“暗收入”，实施绩效工资与清理规范津贴补贴相结合，在工资改革的大方向上有所突破，增长医护人员“明收入”。法国的工薪分类制度是比较健全的，可由教师组成的职系只有一个职等；有的职系的级别幅度则很窄，仅有一到二个职级。为比较不同职系之间工薪的关系，只有将所有工薪归入相应的职等才能进行。同一职等的不同职系的工薪，有可能职级级别不同。例如，一个第3级的护士归为第5职等，一个最低的即第一职级的内科医生也归为第5职等，这表明这两个工薪虽然工作性质不同，职级级别不同，但是，它们的其他构成因素是相同的，都属于同一职等，应当得到同样的报酬，一旦编写出表达准确的职务规范，就可以清楚地界定各级权限，客观地固定该职务的能级水平和工资层次。
　　4.科技型单位：有偿转化
　　我国原有的科技研究开发活动主要集中在独立的科研机构，科研经费、工资基金主要靠政府投入，随着向社会主义市场经济体制转变，原体制阻碍科技与经济结合及科技成果的转化。《中共中央关于科学技术体制改革的决定》早就明确提出，科技体制改革的核心任务是促进科技与经济结合、加速科技成果转化。就是说，要根据国情，逐步引导科研机构整体转变成科技型企业，特别是高技术企业，使之成为高技术产业发展的主力军；鼓励大批科研机构进入市场，与企业实现多种形式的结合。
　　所谓科技型事业单位，是指科研经费、工资基金主要靠政府投入、人员技术优势明显的单位。这些单位大都是贴近生产环节和流通领域的科研院所，对这些单位而言，其分配机制上应有利科研成果实现其价值。目前，事业单位单位与机关除执行不同工资标准外，其余的管理方式完全相同，没有形成有自己特色的工资管理体制。考虑到这种事业单位的特点，工资构成需要改变，分为固定部分和活的部分两块。固定部分主要体现工作人员的水平高低、责任和贡献大小，活的部分主要体现工作人员实际工作量的多少，力求在分类机制方面突出按生产要素分配的政策导向。其中管理人员不管属于何种类型，可以统一实行职员职务等级工资制。
　　作为各级工资管理部门要从现代化建设的大局和战略的高度出发，认真把工资福利政策落到实处，为科研机构的科研成果顺利转化创造一定的条件。特别是对国家所属科研机构的整体改革，必须以加速科技产业化为核心，促进科研机构向企业化转制。这既是深化我国科技体制改革、加强创新体系建设的重大突破，也是实施工资分类管理的一项举措。
　　5.经营型单位：引入企管
　　所谓经营型事业单位，是指经费自给的经营服务型单位。从一般意义上讲，这种性质决定资源配置活动必须通过市场进行。该类单位要面向社会，全面推行工资标准弹性化，内部分配自主化，福利项目货币化，货币收入工资化。比如，财务、审计、律师、税务事务所等中介机构，机关附属宾馆、招待所、培训中心等商业性服务单位，其工资生成决定、工资发放支付可按照企业工资运作方式去实施，即根据行业工作特点、市场工资水平，依据工作人员能力、工作实绩决定其工资分配档次和津贴发放数额，并在工资水平调控上自觉接受工资指导线和最低工资影响；在内部工资分配上，实行经营者收入和职工工资分离，逐步建立经营者收入年薪制和员工工资谈判协商工资制。
　　为适应工资管理新体制的要求，在完善分类管理的基础上，可将经营型、科研型单位逐步独立成企业，从事业单位分离出去；扶持服务型事业单位，使部分能够自力更生；在精简公益型事业单位的基础上，对其实行工资总额包干的办法，进一步增加其管理的自由度。随着各项改革的深入，可借鉴国外非营利性机构的概念，对事业单位的基本特性作科学界定，重新分类。诸如，按组织目标划分两类：营利性和非营利性；按组织融资模式划分三类：主要由政府付费；由私人和政府共同付费；由私人付费。总之，在改革深化过程中，公职薪酬制度的类型要有所改变，实施的广度和深度要有所强化，工资构成和分配方式要加以改进，以最大限度地发挥工资分类管理的效果。
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