再次，学术共同体内部的某些游戏规则对学
术自由有着不利的影响。某些领域的某些学者或者教授，为保证自己在学术界的地位或者声望，故意压制异己的观点，导致所谓的“学阀”和“学术山头”现象。在这些地方，要么没有规则，要么规则形同虚设。对此，300年前的洪堡就深有体会，他说，如果一个学术团体水平过于高端、势力过于强大，该团体通常会有一种特定的观点，然后倾向于压制其他观点的兴起。这不利于新兴学科和创新性的理论的生长，不利于保证理论和研究的科学性。要避免此类现象的出现，就需要外部力量对于学术权力的制衡，即学术共同体的游戏规则必须接受社会的审查和问责。社会公众虽然不一定具备评价学术问题、学术水平的能力，但关于规则的公平和公正性的评价能力则毫无疑问是具备的。真正意义上的学术自由的实现，需要基于学术共同体内部游戏规则的公开、公正和公平，需要保证各种学术观点都具有平等地接受质疑、批评和讨论的机会。在涉及社会发展面临的重大问题和工程时，更需要让各种观点展开充分的讨论。近期日本地震导致的核电站泄露。其隐患在20世纪90年代就被日本学者所指出，但其观点长期受到打压和忽视，美国专家因其建议被忽视愤而辞职。当前核泄漏所导致的巨大灾难，再次证明了学术质疑观点被忽视、被屏蔽的后果有多么严重。
三、大学自治、学术自由与社会发展的同生共长
大学自治与学术自由休戚与共，共存共荣。要保障身在大学中的人们的思想自由、学术自由，其基础是大学自治。没有大学自治，就没有安全的学术环境；而失去了学术安全，就不可能有学术的自由与发展。良好的大学自治是学术自由得以存在的基础，没有大学自治，学术自由就无从谈起；有了学术自由，就能够促进大学实现更加完善的自治。
自由是学者的天赋权利，它既表现为学者不受任何世俗及权威的影响，自由地选择研究领域并发表其学术见解，即苏格拉底所说的“自由地追求一种观点，而不论其引向何方”：也表现为不屈从于压力而对自我及真理的坚持。近代以后，随着教会的淡出，现代企业的出现，学术自由的获得开始取决于大学与政府、企业之间的合作与博弈，学者学术自由权利的保障主要看大学自治的实现程度如何。大学自治程度越高，学术自由的空间就越大；大学自治如果难以保障，学者的学术自由就无从谈起。某种意义上。学术自由也是一个国家、一个政府民主程度的标志。保障学术自由有助于健全民主程序，促进民主政治的实现。当然，大学自治也有赖于大学机构自身的自律，大学自律程度越高，其获得的大学自治和学术自由的力度可能就越大。开放、开明的政府能够较好地把握大学自治和学术自由的力度，懂得如何尊重学术自由，知道如何给予大学的合理自治。
学术自治是相对的自治，学术自由是必需的自由。海纳百川，有容乃大。学术自由是必需的，是因为一所听不到与众不同的观点的大学．一定不是一所好大学。大学容纳各种思想、观念和主张，但它绝不盲从，这是大学的特点。无论是什么样的思想、观念和主张，在大学里都是值得深思的。毋容置疑，自由是有条件的。行使自由不得损害国家、社会、集体的利益和其他公民的合法权利。尽管大学自治与学术自由的真正意义在于保护非同一般的学术观点，但在涉及价值观问题时，也需要对社会主流价值和民族传统给予充分的关注和尊重。一切自由都要以国家、集体和社会利益为前提和最高标准。
总之，没有无约束的自由，也没有无自由的约束。唯有使大学自治与学术自由互相促进、互为保障，才可能形成百家争鸣、百花齐放的局面，才能使科学、技术和社会文化朝着多元、协调的方向繁荣发展；唯有使大学自治、学术自由与社会发展达到和谐共进，才有可能进一步提高我国高等教育和科学技术的国际影响力和国际竞争力。
