计件工资最主要的问题是计件定额以及计件单价的核定问题。由于工种、岗位、技术、设备、工艺等等情况的不同，新合营企业原有的计件工资极为复杂多样。在工资改革的准备、试点阶段，有关领导部门曾想对这些“混乱、不合理”的计件工资进行一番改革。但在重点企业的试点过程中却始终步履艰难，故1957年7月上海市劳动工资委员会在《关于新公私合营
企业工资改革若干问题的修正补充意见》中不得不重新规定，“由于计件工资情况复杂，不可能在这次工资改革中完全解决。一般可以先调整过低、过高的计件工资，逐步进行，在这次工资改革中调整不完的放在今后经常工作中调整。”所以当工资改革全面推开时，大部分企业只是对某些十分不合理并且严重影响或阻碍生产的计件工资作了适当处理，其余绝大部分基本上还是维持原状。故而，上海市劳动工资委员会在工资改革的总结材料中仍称，新合营企业“不少单位计件工资水平偏高，与计时工资矛盾很尖锐；长期冻结的计件工资严重地影响工人的生产积极性”。
保留工资的出现和存在，从根本上讲是新旧工资标准的差异问题。具体地说，是一部分企业员工，主要是年资较高的老员工，其原有工资等级或标准高于其现任岗位等级工资而出现的工资差额。1957年3月，上海市劳动工资委员会《关于上海市新公私合营企业工资改革的意见》规定，“在建立新的工资等级的企业中，工人职员和私方人员的现行计时工资标准(包括应并入的变相工资)高于新定工资标准的部分，给予保留”，“计件工资的原工资收入超过新计件工资收入的差额中，由于并入变相工资而形成的部分，可以作为保留工资，与计时工的保留工资同样处理。”这也就是说，对于一部分老工人、职员、技术人员以及私方管理人员来说，由于原有的实际工资(即基本工资加上变相工资)一般都要高于新工资标准，如果将变相工资予以取消的话，在新工资标准下，实际工资将会有很大幅度的下降，因此，不得已的办法只能是实行过渡性的保留工资。实行保留工资的有利之处在于：一是作为历史遗留问题，以后不会再有新的出现；二是可以取消和归拢各种不同名目的变相工资，为实现工资制度的统一提供较为妥当的过渡办法；三是从实际工资的绝对额上看，保留工资始终只是将超过新工资标准的一部分工资额保留，如20％～80％不等，因此保留后的工资总额绝不会超过保留之前；四是保留工资明确规定为在以后的工资改革或工资调整中，必须抵充工资增加的部分，随着时间的推移即会自行消亡。所以，无论从当时来说还是从长远来看，在从市场经济性质的私营企业的工资制度向社会主义性质的公私合营企业的工资制度的转变中，保留工资无论从政治上、经济上、社会意义上看都是一种比较有效、成功的过渡办法。不过由于在新公私合营企业的工资改革中，大多数企业最后都没有实行新的工资等级制度，因此保留工资的问题并不突出，在上海市劳动工资委员会1957年7月的《关于新公私合营企业工资改革若干问题的修正补充意见》以及1958年2月《上海市新公私合营企业工资改革工作总结(草稿)总结材料》中都没有再专门论及保留工资问题。
综上所述，1956～1957年上海新公私合营企业的工资改革，尽管整个过程历时甚久，还是被称之为“调整、整顿为主的不彻底改革”，最终也没有建立统一的工资等级，尚有诸如“变相工资”、“保留工资”这样的余留问题，但从企业制度变迁的历史视角看，这些问题的解决只是一个时间问题。从市场经济条件下企业自主的工资体系转变成计划经济下集中统一的工资制度，需要相应的过渡时间、措施和办法，而1956～1957年间新合营企业的工资改革正是这一工资制度历史性转变的重要转折点。这一在中共中央、中央政府以及各级党委、政府机构统一政令下的企业收入分配制度之重构，从根本上改变了市场经济条件下私营企业工资制度自主性、多元化、多样化的历史格局，结束了基于私有产权及市场经济基础上的私营企业的工资制度及工资体系，开始确立起国家计划经济下集中统一的工资制度，是一个重大的具有划时代意义的历史转折，也是计划经济制度全面确立的重大内容之一。
