目前我国非营利性医疗机构点主导地位，非营利性医疗机构涉及和税种主要包括其他收入和房屋租金收入的营业税、城建税、教育费附加，另外还有房产税印花税、个人所得税等。随着我国城镇医疗机构卫生体制快速的发展及药品体制的改革，国家逐步允许具备一定资质的单位及个人从事医疗卫生服务行业，这样就使医疗事业得到较大的发展。例如诊所、保健所、医疗服务中心、农村医疗保险、个体及民营医疗卫生服务等，发营化、私有化、营利性医疗机构的规模也在不断壮大。但是医疗服务事业的发展最大的问题，是因为对医疗机构的税收管理存在着税源不清及重视力度不够，使税收管理出现一定的风险及漏洞。
一、医疗机构财务税收问题的主要体现在以下几个方面
（一）医疗机构纳税的意识不强
由于医疗机构慢慢由事业单位改制成民营医院，大多数与当地政府及执法机关单位有着一定的人脉关系，而且政府一直以来对卫生事业单位的定位都是以社会福利范畴进行的，这样就导致税务管理部门疏于管理，医疗行业人员纳税意识淡薄，税收基础苦衷匮乏等，同时医疗行业建帐不全、不缴、少缴等相关问题也是层出不穷。
一些民营医疗机构，往往为了规避税收而申报为非营利性医疗机构，其实这样做是不利于长远的发展，另一方面选择了非营利性的话就是没有回报的，如果是大投资的医院，选择这种方面是不能分红，这样显然扭曲了资本投资营利的本性。
（二）税务监管力度不足
医疗行业的监管涉及多个部门，例如药监局、卫生局、国（地）税等，这些监管部门之间的职能 没有交叉，在职能行使的过程中，是不可避免会出现重复或者冲突的，比如医药与卫生之间的政策会冲突，各医疗机构征会征收营业税却不收增值税，那么作为增值税链条的专用发票就不能起到实际作用。
（三）医疗机构发票使用不规范，给税务机关的管理带来困难
根据调查数据发现，部分医疗机构在发票的使用意识上比较淡薄，一般出现不主动到当地税务机关办理发票领购手续，平时在医疗服务的工作中，没能按税务机关发票使用规定开具发票，绝大多数以收据或白条替代，所以在税收监管时，不能真实的体现出业务往来情况。
二、解决当前医疗机构的税收管理问题的对策
（一）加强医疗机构税收政策宣传
税务应加强有关医疗机构方面的税法知识宣传，将医疗耳机机构有关税收政策宴会到位，促使医疗机构的工作人员提高纳税意识；其次进行税务登记并依法纳税，将医疗机构的税收政策贯彻执行；另一方面可以向社会宣传，这样有助于提高社会群众对医疗机构税收政策的认识，促进社会对医疗机构的纳税进行监督。
（二）全面的税务登记和纳税申报
无论是营利医疗机构还是非营利医疗机构都应该执行国家统一税收征管法，全部进行税务登记并近期进行税务申报。同时享受免税或减税的纳税人，必须按照《征管法及《营业税暂行条例及其实施细则》的规定和地方税务部门的要求，定期向主管地税机关报送纳税申请表、财务会计报表以及其他相关资料，按时接受税务机关的监督检查。
（三）加强政策引导，弄清医疗机构中哪些是应税和非税范围
我国医疗机构营利性和非营利机构适用的税收政策是有所不同的。例如针对疾病控制机构与妇幼保健机构应按照国家规定的价格取得卫生服务入，免征各项税收，如不按国家规定的价格取得的卫生服务收入不得享受这项政策。如取得的其他收入，直接用于改善本机构卫生服务条件或者经过税务部门审核批准，可以用来抵扣的相应的所得税额，对其余额征收企业所得税。对于免征政策，要注意加强对免税条件发生变化的医疗卫生机构的日常检查工作，如果发现非营利组织不再具备免税条件 时，一定要及时报告核准该非营利组织免税资格的财政及税务部门进行复核，如果不合格，要取消其享受免税的优惠资格；同是还要注意加强对取得免税资格非营利组织注销及剩余财产的税收管理工作，如果达到了纳税条件，要及时追缴其应缴纳的企业所得税款，从而确保税款的征收管理。
（四）加大税法宣传力度
加强与卫生管理部门之间的联系，主动向卫生管理部门了解医疗机构执业许可证办理情况及变更情况 ，并深入细致的税收政策宣传，从而引导医疗机构经营者与财务人员提高纳税意识；另外应开展医疗机构经营都与财务人员的税收业务知识培训，对税收政策进行全面的梳理，提高医疗卫生机构财务人员履行及落实税收政策的技能及认识；同时区分营利性与非营利性医疗机构之间的特点。
（五）加大税务稽查力度
加强个人所得税与其他应税项收入的检查，重点稽查有无收入不入帐，代收医疗服务费不入收的，收入挂往来帐的，大额资金支出去向不明的、虚列成本、帐务混乱或者收入凭证及费用凭证残缺不全的问题等，要严格按照我国税收征收管理条例执行，不断纠正医疗卫生机构不规范的纳税行为。与此同时也要对专科门诊的专家、主治医生等高收入个人及药品采购印花税的纳税检查，这样才能加强财务管理，规范其申报应税行为，逐渐把医疗机构税收引入正轨，增加税收收入。
（六）建立准确纳税和控制 税收成的意识和概念
营利医疗机构要在国家立法环节上积极反映其在经营过程中为社会做出的贡献和遇到的困难，争取最大限度的获得国家低税负的税收政策。例如医疗服务营业税的税率，应该在立法环节争取到最大限度的扣除限制标准。营利性医院目前的这种和存环境使其在广告费用上投入很大，而企业所得税法规定，广告经营费用允许2%的税前列支，其余部分是不能够税前列支的，这就使得在现阶段营利性医院运作困难、影响其发展。
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